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税務調査の結果として、税務署から更正処分を受けたり、修正申告指導を受けたものの、「本当にこの指摘は正しいのか」「納得できないまま従うしかないのか」と悩んでいる方は少なくありません。特に個人事業主や中小企業の経営者にとって、追加で課される税額や加算税は経営に大きな影響を与えます。
しかし、税務署が行った更正処分等に不服がある場合、納税者には正式に意見を申し立てる制度が用意されています。
本記事では、税務調査に対する不服申し立ての仕組みや手続きの流れ、期限、注意点を整理し、冷静かつ適切に対応するための判断材料をお伝えします。正しい知識を身につけることで、不要な税負担を避け、納得のいく解決を目指しましょう。
税務調査の不服申し立てとは？処分を見直してもらう正式な手続き
税務調査の結果として行われた処分に不服がある場合、国税通則法に基づき不服申し立てを行うことができます。
ここでは、不服申し立ての基本的な考え方と制度の概要を解説します。
不服申し立ては納税者の正当な権利
税務署が行う更正処分や決定処分は、行政処分の一種です。そのため、納税者は内容に納得できない場合、不服申し立てを行う権利を法律上認められています。
不服申し立ては、税務署に反抗する行為ではなく、
- 処分内容の妥当性を第三者的な立場で確認してもらう
- 事実認定や法解釈の誤りを是正する
ための制度です。正当な根拠や証拠があれば、処分が取り消されたり、税額が減額されたりする可能性もあります。
「再調査の請求」と「審査請求」から選択可能
税務調査に基づく処分に対しては、原則として「再調査の請求」または「審査請求」という2つの方法のいずれかを選んで不服を申し立てることができます 。
| 種類 | 内容 | 請求の提出先 | 特徴 |
| 再調査の請求 | 処分を行った税務署に対して見直しを求める | 税務署長等 | 手続きが比較的簡便 |
| 審査請求 | 国税不服審判所に対して処分の妥当性を問う | 国税不服審判所長 | より中立・専門的な判断が期待できる |
どちらを先に選ぶかは納税者の自由です。ただし、再調査の請求を経た後、その決定にも不服がある場合は、通知から1か月以内に改めて審査請求を行うことができます 。
なお、再調査の請求は処分を行った税務署自身が見直しを行うため、手続きが比較的簡便に進む一方、審査請求は国税不服審判所の審判官が担当するため、より客観的かつ専門的な判断が期待されます。
不服申し立ての期限は厳格！原則3ヶ月だが例外に注意
不服申し立てには厳格な期限が設けられており、これを過ぎると原則として申し立てができなくなります。
- 原則：処分の通知を受けた日の翌日から3ヶ月以内
更正処分等の通知書を受け取った日の翌日から3ヶ月以内に、「再調査の請求」または「審査請求」のいずれかを行う必要があります 。 - 例外：再調査決定後の審査請求は「1ヶ月」以内
再調査の請求を行った後、その決定内容にも不服がある場合、再調査決定の通知を受けた日の翌日から1ヶ月以内に審査請求をしなければなりません 。この「1ヶ月」という期限は非常に短いため、特に注意が必要です。
また、再調査の請求をしてから3ヶ月を経過しても税務署から決定がない場合は、その時点で棄却する旨の決定があったものとみなし、審査請求へ移行することも可能です 。
期限を1日でも過ぎると、原則として不服申し立ては受理されません。「忙しくて後回しにしていた」「どうするか迷っているうちに時間が経った」という理由は認められないため、通知を受け取ったら速やかに専門家へ相談する等、検討を始めることが大切です。
不服申し立てができる代表的なケースと条件
処分に不服がある場合でも、すべての状況で不服申し立てができるわけではありません。対象となる処分が法律で定められています。
ここでは、税務調査に関連して不服申し立てが認められる代表的なケースを解説します。
更正処分で納税額が増えた場合
税務調査の結果、申告内容に誤りがあるとして税額を増額する「更正処分」を受けた場合は、不服申し立ての対象となります。
更正処分は、税務署が
- 申告内容に誤りがある
- 申告漏れや計算誤りがある
と判断し、税額を修正する処分です。調査官の判断に法解釈の誤りや事実認定のズレがあると考えられる場合には、証拠を示したうえで不服申し立てを行うことが可能です。
決定処分で税額を一方的に決められた場合
期限内に申告を行わなかった場合等に、税務署が調査に基づき職権で税額を決定する「決定処分」も、不服申し立ての対象となります 。
決定処分では、
- 推計による課税
- 実態と異なる前提での税額算定
が行われることもあります。実際の取引状況や資料が反映されていない場合には、事実を示して見直しを求めることができます。
更正の請求(還付請求)が認められなかった場合
納税者が納めすぎた税金の還付を求める「更正の請求」に対し、税務署がその請求を認めない「更正をすべき理由がない旨の通知」をした場合、この通知（処分）は不服申し立ての対象となります 。
例えば、
- 控除の適用漏れ
- 誤った課税区分での申告
等を理由に還付を求めたにもかかわらず認められなかった場合、その判断の妥当性を争うことができます。
青色申告の承認が取り消された場合
青色申告の承認取消処分は、納税者にとって非常に影響の大きい処分であり、不服申し立ての対象となります 。
この処分を受けると、
- 青色申告特別控除が使えなくなる
- 純損失の繰越控除ができなくなる
といった不利益が生じます。帳簿の保存状況や記帳方法に問題があったと指摘された場合でも、処分が過度であると感じる場合には、見直しを求めることが可能です。
税務調査から不服申し立てまでの具体的な流れ
税務調査の結果に納得がいかないと感じたとき、具体的にどのようなステップで不服申し立てを進めればよいのでしょうか。ここでは、調査官の指摘への対応から不服申し立て、さらには訴訟に至るまでの一連の流れを時系列で解説します。対応の順序や各段階での注意点を理解することで、無駄なく確実に手続きを進められるようになります。
ステップ1： 調査官の指摘に対し修正申告に応じない意思表示
税務調査では、調査官から「申告内容に誤りがある」との指摘を受けることがあります。ここで納税者が指摘を認め、修正申告を提出すれば、その内容がそのまま確定します。しかし、納得できない場合は、あえて修正申告を行わず、口頭や書面で意思を伝えることが重要です。
修正申告を提出してしまうと、それが「自発的な申告」と見なされ、原則として不服申し立てができなくなります。そのため、異議がある場合は、「この指摘には応じかねる」旨を伝え、処分通知を待つことが肝心です。
「ご指摘の点については、一度持ち帰って検討します」と伝え、その場での即答を避けるだけでも有効ですので、落ち着いて対応しましょう。
この段階では感情的にならず、冷静に判断し、必要であれば証拠資料の準備も並行して進めましょう。
ステップ2：更正処分通知書を受け取る
調査後に修正申告を行わなかった場合、税務署は「更正処分」等の形で、正式な通知書を送付してきます。これは行政処分であり、この書面を受け取ることによって初めて不服申し立てのカウントダウンが始まります。
処分通知書には、課税の内容や金額、理由等が詳細に記載されています。まずはその内容を正確に読み取り、何に対して不服を申し立てるのかを明確にすることが大切です。
また、通知書が届いた日が不服申し立ての期限を算出する起点となるため、必ず受取日を記録に残しておきましょう。これが後のステップでも重要な証拠となります。
ステップ3：再調査の請求または審査請求を選択(3ヶ月以内)
通知書を受け取った日の翌日から3ヶ月以内に、「再調査の請求」または「審査請求」のいずれかを選択して手続きを開始します。
- 再調査の請求：処分を行った税務署長等（処分庁）に対して見直しを求める、比較的簡易な手続きです。
- 審査請求：国税不服審判所という、中立的な第三者機関に処分の妥当性の審査を求める手続きです。より客観性の高い判断が期待できます。
事案をよく知る処分庁にまず再考を促したい場合は「再調査の請求」を、当初から中立的な機関に判断を委ねたい場合は「審査請求」を選択します。再調査の請求を経ずに、最初から審査請求を行うことも可能です。
期限内にいずれかの申し立てを行わなければ処分が確定してしまうため、この3ヶ月という期間は極めて重要です。
ステップ4：再調査で不満なら審査請求に進む(1ヶ月以内)
再調査の結果に納得できなかった場合は、その通知を受け取った日の翌日から1ヶ月以内に「審査請求」へ進むことができます。この際には、新たに審査請求書を作成し、国税不服審判所長に提出する必要があります。
この請求は、法的な審査機関による裁決を受けるための重要なステップであり、主張の整理と証拠資料の精査が求められます。具体的には、処分内容の何が不合理であるのか、どのような証拠があるのかを明確に文書化する必要があります。
また、再調査の結果を受けて1ヶ月以内という短い期間の中で行動する必要があるため、早い段階から準備しておくことが成功の鍵となります。
ステップ5:：裁決にも納得できなければ訴訟へ(6ヶ月以内)
審査請求の結果（裁決）にも納得できない場合は、最終手段として「行政訴訟（取消訴訟）」を裁判所に提起することができます。この訴訟は、裁決書の送達があった日から6ヶ月以内に起こす必要があります。
訴訟では、司法の判断によって税務署の処分が適法かどうかを争うことになり、より高い専門性と証拠力が求められます。この段階では、弁護士や税務訴訟に精通した専門家の関与がほぼ不可欠といえるでしょう。
裁判に発展すると時間や費用もかかりますが、違法または不当な処分であると認められた場合は、処分の取り消しが命じられ、納税義務がなくなるケースもあります。
不服申し立てを行う際の重要な注意点とルール
不服申し立ては納税者の権利ですが、手続きに関するルールや注意点を誤ると、せっかくの申し立てが無効になるリスクもあります。ここでは、不服申し立てを進める上で押さえておくべき重要なポイントや見落としやすいルールを詳しく解説します。
細かな点を理解し、正しく手続きを進めることで、より有利な結果を引き出すことができます。
期限厳守：通知翌日から3ヶ月を1日でも過ぎると無効
不服申し立てにおいて最も重要なルールが「期限内に申し立てること」です。処分通知書を受け取った翌日から起算して3ヶ月以内に、再調査の請求または審査請求を行わなければなりません。
たった1日でも過ぎてしまえば、その申し立ては無効となり、どんなに内容に正当性があっても審査されません。期限は原則として延長できないため、通知書が届いたらすぐにカレンダー等で期限を確認し、逆算して準備を進める必要があります。
納税義務は継続：申し立て中も納税しないと延滞税発生
不服申し立てを行ったとしても、納税義務そのものが一時停止するわけではありません。処分に従った金額の納税は、原則として期限通りに行う必要があります。
納税を怠ると、延滞税や督促手続きの対象となり、追加の負担が発生するおそれがあります。不服申し立て中であっても、税金の支払いは「いったん行う」のが基本ルールです。
修正申告の危険性：提出すると原則不服申し立て不可
税務調査の後、調査官の指摘に従って修正申告を行うと、それ以後は原則として不服申し立てができなくなります。なぜなら、修正申告は「自発的な申告」とされ、納税者が自ら認めた内容と見なされるためです。
つまり、修正申告をした時点で「争う意思がない」と判断されてしまうのです。特に、調査時にプレッシャーを感じてその場の流れで署名・提出してしまった場合等、あとから「やっぱり納得できない」と思っても手遅れになることがあります。
納得がいかない点がある場合は、修正申告を行わず、まずは処分通知を待ってから正式な不服申し立てに進むのが基本です。
審査請求は再調査を経ずに直接申立可能
不服申し立てには「再調査の請求」と「審査請求」の2つの手段がありますが、再調査を経なくても、最初から審査請求を選ぶことが可能です。このことを知らずに「必ず再調査をしなければならない」と誤解してしまう方もいます。
再調査の請求は更正処分等を下した税務署に対して行うため、同じ税務署が判断を覆すことはほとんどありません。一方で、再調査の請求をすることで、課税処分に至った理由・根拠をより厳密に確認できるため、審査請求への有効な準備を行うことが期待できます。
審査請求を直接行うことのメリットは、より中立的な判断を早い段階で得られる可能性がある点です。特に、処分を行った税務署に対して再調査を求めても、公平な判断が期待できないと感じる場合には、初めから審査請求を選択することが適切です。
ただし、審査請求は手続きが複雑で、提出書類や主張内容も高度になります。自信がない場合は、再調査で様子を見るという選択肢も有効です。状況に応じて、最も合理的なルートを選びましょう。
修正申告と不服申し立て どちらを選ぶべきか
税務調査で指摘を受けた後、納税者は「修正申告」に応じるか、後に「更正」処分を受けた上で「不服申し立て」を行うかという重大な判断を迫られます。どちらにもメリット・デメリットがあるため、状況や証拠の有無、今後の対応方針によって最適な選択は異なります。
ここでは、それぞれの特徴と判断のポイントを整理しながら、賢明な選択をするための指針を示します。
修正申告を選ぶメリット：早期解決・加算税軽減
調査官の指摘にある程度納得できる、または争っても勝てる見込みが薄いと判断した場合には、修正申告を行うことで手続きが早く終わるという利点があります。
主なメリットは以下の通りです。
- 調査の早期終了が期待できる
- 延滞税の発生を最小限に抑えられる
- 争わない姿勢を示すことで、更正処分より修正事項が減ることも
修正申告は「納税者が自発的に誤りを認めた」形になるため、更正処分と比較して税務署の指摘・追徴課税が減ることもあります。
更正処分は正式な行政処分のため、調査官は厳密に法令に則って修正内容を検討し税務署長まで決裁を通す必要があるため非常に手間がかかることや、後に不服申し立てにより覆されるリスクもあります。そのため、税務署としては更正処分より自主的な修正申告をしてほしいのが本音です。
そこで、修正申告により争わない姿勢を示すことで、更正処分より指摘の内容が軽減されることもあります。
ただし、修正申告はあくまで納税者自身の意思で申告内容を訂正する手続きのため、一度提出すると、その内容について不服申し立てを行うことは原則としてできなくなります。
不服申し立てを選ぶメリット：主張が通れば税負担が軽減・ゼロになる可能性
調査官の指摘に納得できず、法解釈の誤りや事実誤認がある場合には、不服申し立てによって処分そのものを取り消してもらえる可能性があります。これは、結果的に税負担がゼロになる可能性を意味します。
不服申し立てのメリットは以下の通りです。
- 税務署の処分を覆して課税を取り消せる可能性がある
- 納税額が大幅に軽減またはゼロになることもある
- 青色申告の承認取り消し等の付随的な不利益処分を回避できる
- 法的に正当な権利を主張できる
たとえば、売上の計上時期や経費の必要性等、事業に特有の判断が問われる部分は、証拠や説明によって処分が覆ることがあります。国税不服審判所の統計によれば、納税者の主張が一部または全部認められるケースは、令和6年度で全体の17.9%存在しており 、不服申し立てを選ぶことにより、納税者の正当な主張が受け入れられる余地が生まれます。
ただし、申し立てには時間と手間がかかり、結果が出るまで数ヶ月以上を要するケースもあるため、対応の継続が可能かも考慮すべきです。
判断基準：指摘内容の正当性と証拠の有無
修正申告と不服申し立てのどちらを選ぶべきかは、以下のようなポイントで判断すると良いでしょう。
| 判断項目 | 修正申告を選ぶべきケース | 不服申し立てを選ぶべきケース |
| 指摘の内容 | 明らかに誤りがある・事実として納得できる | 調査官の誤解・見解の違い・根拠が曖昧 |
| 証拠の有無 | 反証できる客観的な資料がない | 正当性を裏付ける帳簿・契約書・証拠がある |
| 納税者の意向 | 早く調査を終わらせたい・争いたくない | 法的に納得できるまで争いたい |
| 税負担の大きさ | 修正しても経営上の負担は大きくない | 指摘を認めると税負担が経営を圧迫する |
| 時間・リソースの余裕 | 手続きに時間をかけられない | 時間や労力をかけても正当性を主張したい |
迷った場合は、税務調査官から指摘内容の説明と修正申告の勧め（勧奨）を受けた段階で、安易にその場で応じず、一度持ち帰って検討することが大切です。指摘内容を精査し、納得できる証拠や正当な主張があるかを整理した上で判断しましょう。
納税者が修正申告に応じない場合、税務署は後日、職権で税額を訂正する「更正」を行い、「更正通知書」を送付します 。この通知書を受け取った後でも不服申し立ては可能ですが、その時点では修正申告は認められません。早まって修正申告をしてしまうと不服申し立ての権利を失うため、冷静な見極めが求められます。
不服申し立てを成功させるための専門家活用法
税務調査の不服申し立ては、単なる意見表明ではなく、法的に有効な主張と根拠資料の提出が求められる高度な手続きです。そのため、正当な主張を通し、処分を覆すためには、税務や法律に精通した専門家の支援が不可欠です。
ここでは、不服申し立てで専門家を活用するメリットや、依頼する際のポイントを解説します。
税理士に依頼するメリット：法的主張の組立と証拠整理
税理士に不服申し立てを依頼する最大のメリットは、法的観点から主張を構成できる点と、必要な証拠を的確に整理して提出できる点です。
税理士の支援によって得られる具体的な利点は以下の通りです。
- 調査官の指摘の妥当性を法的観点から分析
- 処分の取り消しにつながる主張を論理的に構成
- 不利な証拠のカバーや、誤解の修正にも対応
- 必要な証拠書類を的確に整理・提出
- 審査請求書や添付資料の形式面も適正に整備
不服申し立ての書類作成には、税務知識だけでなく、行政法や不服審査手続きに関する理解も不可欠です。経験豊富な税理士はこの分野に熟知しているため、納税者が不慣れな手続きをスムーズに代行してくれます。
さらに、税務署や国税不服審判所との対応に慣れていることから、無駄な摩擦を避けながら効果的な交渉が期待できるのも大きな強みです。
不服申し立てで求められる高度な専門知識
不服申し立ての成功には、以下のような専門的な知識や実務経験が求められます。
- 国税通則法や行政不服審査法の理解
- 税務調査の実務と処分理由の分析力
- 帳簿・決算書の読み解きと証拠能力の判断
- 類似事例の判例や過去の裁決例との比較
- 税務署側の論点や主張の想定
これらを踏まえて適切に対処しなければ、どれだけ主張に正当性があっても、形式や証拠不足によって申し立てが却下される可能性もあります。特に、審査請求では厳密な書式や主張構成が求められるため、経験がないまま対応するのはリスクが高いといえます。
専門家の力を借りることで、「争い方」そのものを誤らずに済み、結果として税務署の判断を覆せる確率が高まります。
審査請求書の作成で押さえるべき重要ポイント
審査請求において提出する「審査請求書」は、主張を裏付ける最も重要な書類です。以下の点を押さえて作成することが、結果を左右します。
審査請求書作成のチェックポイント
| 項目 | 内容例 |
| 請求人の基本情報 | 氏名、住所（又は居所）、処分があったことを知った年月日、処分通知書の年月日、処分庁等 |
| 不服の内容と理由 | どの処分（例：令和X年X月X日付の更正処分）の、どの部分（例：売上計上時期の認定）が、なぜ不当・違法なのかを具体的に記載 |
| 主張の根拠 | 根拠となる法令（法人税法第X条）、通達、判例、契約書の条項等を引用 |
| 証拠書類の一覧 | 証拠として提出する請求書、帳簿、契約書、議事録等のリスト |
| 結論・要望 | 「原処分の全部の取消しを求める」等、求める結論を明確に記載 |
特に重要なのは、事実の記載と法的主張のバランスです。感情的な主張や抽象的な意見ではなく、客観的事実と法令をセットにして論理的に構成することが求められます。
また、誤字脱字や記載漏れがあると、内容以前に手続き上の問題として扱われる可能性があるため、第三者のチェックや専門家による監修も有効です。
まとめ
税務調査の結果に納得がいかない場合でも、納税者には「不服申し立て」という正式な救済手段が用意されています。
更正処分や決定処分、青色申告の承認取消しといった処分を受けた際には、その内容を慎重に検討し、税務署長等への「再調査の請求」または国税不服審判所長への「審査請求」を行うことで、処分の全部または一部の取消しが認められるケースも少なくありません。
特に重要なのは、以下の3点です。
- 申し立ては、原則として処分の通知を受けた日の翌日から3ヶ月以内に行うこと（期限厳守）
- 専門家のサポートを受けること
- 申し立て中でも納税義務は継続すること
不服申し立ては納税者自身でも可能ですが、税務に関する高度な知識と法的な主張・立証が求められます。そのため、税理士等の専門家のサポートを受けることで、より適切な対応が期待できます。
税務調査の処分に疑問や不安を感じ、一人で対応することに限界を感じているなら、専門家の力を借りて納得のいく解決を目指すことが、最終的にご自身の権利と財産を守る最良の方法となります。
税務調査対応に豊富な実績を持つ「税理士法人GNs」では、納税者の正当な権利を守るためのサポートを提供しています。まずはお気軽にご相談ください。
